Syrop z agawy składa się głównie z fruktozy i glukozy. Zależnie od źródeł, podaje się 92%-56% fruktozy i 20%-8% glukozy[5][6]. Różnice te oddają zróżnicowanie pomiędzy składem uzyskiwanym przez różnych producentów syropu. Dzięki zawartości frukozy oraz temu, iż indeks glikemiczny mierzy jedynie zawartość glukozy, syrop z agawy jest znany z wyjątkowo niskiego indeksu glikemicznego i ładunku glikemicznego[7]. Pomimo tego, niezwykle wysokie stężenie fruktozy (wyższe niż w wysokofruktozowym syropie kukurydzianym) może mieć negatywne skutki zdrowotne i powodować symptomy nietolerancji fruktozy (zespołu złego wchłaniania fruktozy).
Syrop z agawy był także przedmiotem krytyki[8], jako że w późnych latach dziewięćdziesiątych, dostępny na rynku posiadał 90% termicznie lub chemicznie hydrolizowanej fruktozy. Produkt obecnie dostępny na rynku nadal posiada przewyższającą zawartość procentową fruktozy, ale jest ona hydrolizowana enzymatycznie, z użyciem enzymów naturalnych[9].
