W ciągu ostatnich kilkudziesięciu lat mammografia spotykała się również z wieloma głosami krytyki. Większość kobiet odczuwa dyskomfort podczas badania z powodu wywieranego ucisku; dla niektórych jest to doświadczenie bolesne. Duża czułość aparatu powoduje, że większość z identyfikowanych zmian nie ma histopatologicznych cech złośliwości. Rezultaty fałszywie pozytywne wymagają za każdym razem przeprowadzania dalszych badań, czasem łącznie z biopsją samego gruczołu. Randomizowane próby kliniczne, które miały potwierdzić skuteczność procedury, wielokrotnie kwestionowano, m.in. z powodu nieistotności statystycznej wyników.